حجتالاسلام سید محمد خاتمی ضمن عرض تسلیت مجدد به ملت شریف ایران و ابراز همدردی با خانوادههای جانباختگان فجایع اخیر، برای انبوه آسیب دیدگان در این حوادث تلخ آرزوی شفای عاجل کرد و خواستار آزادی همه دستگیرشدگانی شد که جز درماندگی از زندگی و اعتراض اتهامی ندارند. وی همچنین بر ضرورت تبیین روشن و باورپذیر حوادث پیش آمده و مقصران آنها، بر لزوم توقف دستگیریها و احضارها و احیاناً احکام نامناسب برای اندیشمندان، هنرمندان و سیاستورزان بخشهای مختلف تاکید کرد و اظهار امیدواری نمود که مسائل دانشگاهها با تدبیر و آرامش و به دور از خشونتهای سیاسی و امنیتی و اجتماعی حل و فصل شود.
خاتمی مذاکرات پیشرو میان آمریکا و ایران را در این وضعیت بسیار مهم دانست که با عنایت به خواست و مصلحت ملت شریف و رنج کشیده ایران بتوان به نتیجهای برسد که رنجها و مشکلات و تنگناهای مردم و تهدیدات روز افزون نسبت به ایران عزیز کاهش یابد و بر خلاف مسیر مورد نظر بدخواهان بهخصوص اسرائیل، که خواستهای جز نابودی و یا تجزیه ایران و فرو انداختن آن از قدرت تاثیرگذاری در منطقه و جهان ندارند، مسیری انتخاب شود که صلح و پیشرفت و امنیت منطقه در نظر گرفته شود. وی همچنین با هشدار به اینکه هرگونه درگیری نظامی از سوی آمریکا و دیگران میتواند اوضاع منطقه را به شدت بحرانی کند، اظهار امیدواری کرد که هم آمریکا و هم ایران با درک انگارهها و انگیزههای خطرناک اسرائیل، در دام توطئهای که آتش آن به نحوی همه جهان را خواهد گرفت، نیفتند.