باکتریهایی که به حفظ تعادل روده کمک و هضم درست و ایمنی آن را تضمین میکنند بهعنوان «فلور روده» شناخته میشوند. استفاده بیش از حد از آنتیبیوتیکها میتواند باعث عدم تعادل روده شود و بخش قابلتوجهی از این باکتریها را از بین ببرد که میتواند منجر به بروز مشکلات دیگر شود.
بسیاری از افراد اغلب برای درمان سرماخوردگی یا آنفلوآنزا در کودکان و همچنین بزرگسالان به مصرف داروهای آنتیبیوتیک رو میآورند که اغلب منجر به چندین عارضه جانبی ناخواسته میشود. کودکان که بهطور معمول برای درمان عفونتهای دستگاه تنفسی آنتیبیوتیک دریافت میکنند، بیشتر مستعد ابتلا به اسهال هستند.
آنتیبیوتیکها گاهی اوقات با سایر داروها نیز تداخل پیدا کرده و اثربخشی آنها را در برابر بیماری کم میکنند. آنتیبیوتیکها میتوانند عوارض جانبی داروهای دیگر را تشدید کنند. برخی از آنتیبیوتیکها آنزیمهای کبدی را تحریک میکنند، تعدادی از آنتیبیوتیکها با داروهای قلبی، داروهای ضدصرع و داروهای ترکیبی تداخل دارند.
در حالیکه آنتیبیوتیکها برای از بینبردن باکتریهای مضر طراحی شدهاند، اغلب باکتریهای خوب را که به محافظت از افراد در برابر عفونتهای قارچی کمک میکند، از بین میبرند. افرادی که آنتیبیوتیک مصرف میکنند اغلب در قسمتهای خاصی از بدن خود مانند دهان، گلو و... درگیر عفونتهای قارچی میشوند.