تالاب انزلی از چند مشکل اصلی رنج میبرد. گسترش سنبلآبی یکی از عوامل اصلی این وضعیت است که دارد جان تالاب را میگیرد. یکی از مشکلات تالاب انزلی این است که 11رودخانه بالادست تالاب انزلی قرار دارد و نسبت به گذشته منابع آبی و حقابه کمتری از این رودخانهها در اختیار تالاب انزلی قرار میگیرد و به تبع آن منابع آبی کمتری برای تالاب وجود دارد. یکی دیگر از مشکلات تالاب انزلی میزان رسوبات قابل توجهی است که وارد تالاب میشود. سالانه 400 هزار تُن رسوبات وارد تالاب انزلی میشود که این رسوبات ناشی از سیلابها و جریانهای روخانهای است که به سمت تالاب میآید. این موضوع باعث شده اختلاف تراز بین بستر تالاب و دریا خیلی زیادتر شود و به تبع آن همین محدود منابع آبی که در تالاب وجود دارد نیز به سرعت به سمت دریاچه خزر تخلیه شود. طبق مطالعات انجام شده، تراز دریاچه خزر تا پایان قرن میلادی یعنی سال 2100 بین 9 تا 18 متر افت پیدا میکند و این مطلب بیانگر این واقعیت است که پسروی دریاچه خزر به احتمال زیاد تشدید خواهد شد و آن اتصالی که در گذشته بین دریاچه خزر و تالاب انزلی وجود داشت نیز دیگر برقرار نیست یا فاصله بیشتری میگیرد. مجموعه مواردی که برای وضعیت بحرانی تالاب انزلی وجود دارد نه تنها برای تالاب انزلی است بلکه برای سایر تالابهای ساحلی در شمال کشور هم وجود دارد و تالابهای میانکاله، خلیج گرگان و گمیشان نیز آسیب خواهند خورد و وضعیتهای سختی برای تالابها در چند سال آینده وجود خواهد داشت.