برخي موادغذايي از طريق اثرگذاري روي ويروسها، باکتريهاي روده را تغيير ميدهند. متخصصان دريافتند که برخي از ترکيبهاي غذاييِ ميتوانند ميکروبيوم بدن انسان را تغيير دهند. هنوز اطلاعات دقيقي در مورد تاثير برخي مواد غذايي بر باکتريهاي روده وجود ندارد. پيچيدگي غيرقابل باور ميکروبيومها و باکتريخوارها (فاژ) از فاکتورهاي موثر در نبود اطلاعات کافي در اين زمينه است. هر فاژ تنها به يک نوع باکتري حمله ميکند که ميتواند بر سطح باکتري روده تاثير بگذارد. هر نوع ماده غذايي که بر فاژها اثر بگذارد ميتواند باکتري روده را نيز تحتتاثير قرار دهد. بهطور مثال، درصورتيکه جمعيت يکگونه فاژ افزايش پيدا کند باکتريهايي که اين فاژ از آنها تغذيه ميکند کم ميشوند که شرايط را براي تکثير گونهها فراهم ميسازد.