در 20 اکتبر 2006 اسماعیل هنیه در راه نماز جمعه در غزه بود که کاروان او مورد حمله موشکی اسرائیل قرار گرفت. البته خطای اطلاعاتی اسرائیل باعث شد به جای خودروی حامل هنیه، یک خودروی دیگر هدف قرار بگیرد تا پروژه ترور هنیه شکست بخورد.
در پی شهادت مجاهد بزرگ آقای اسماعیل هنیه رئیس دفتر سیاسی حماس حضرت آیتالله خامنهای رهبر معظم انقلاب اسلامی در پیامی ضمن تسلیت شهادت این رهبر شجاع و مجاهد برجسته به امت اسلامی و جبهه مقاومت و ملت سرافراز فلسطین تاکید کردند: رژیم صهیونی جنایتکار و تروریست با این اقدام زمینهی مجازات سختی را برای خود فراهم ساخت و خونخواهی او را که در حریم جمهوری اسلامی ایران به شهادت رسید، وظیفه خود میدانیم.
«اسماعیل هنیه» ملقب به «ابوالعبد» رئیس دفتر سیاسی جنبش مقاومت اسلامی (حماس) که بامداد امروز در محل اقامت خود در تهران به شهادت رسید، از رهبران محبوب مقاومت بود که پس از عملیات طوفان الاقصی به چهرهای شناختهشدهتر در سطح جهان تبدیل شد و رژیم صهیونیستی او را در لیست ترور قرار داده بود.
اسماعیل هنیه که برای مراسم تحلیف رئیس دولت چهاردهم به ایران آمده بود، بر اثر اصابت یک پرتابه به محل اقامتش در شمال تهران، شهید شد. پس از این حمله، گمانه زنیها در خصوص عوامل پشت پرده این ترور آغاز شد. در ساعات ابتدایی، تحلیلگران بیشترین احتمال را برای این ترور متوجه اسرائیل دانستند اما رژیم صهیونیستی، هنوز مسئولیت این حمله را نپذیرفته و سیاست ابهام برانگیز «نه تایید- نه تکذیب» را اتخاذ کرده است.
در بیانیه وزارت امور خارجه قطر در این باره آمده است: دولت قطر ترور رئیس دفتر سیاسی حماس را به شدت محکوم میکند، ترور اسماعیل هنیه جنایتی فجیع و تشدید خطرناک تنش و نقض آشکار قوانین بینالمللی و انسانی است.
طبق گزارش خبرگزاری قنا، وزارت خارجه قطر اضافه کرد: ترور هنیه و تداوم هدف قرار دادن غیرنظامیان منجر به آشوب و تضعیف شانس صلح خواهد شد.
این وزارتخانه در ادامه آورده است: قطر بار دیگر بر موضع خود در رد خشونت، تروریسم و اعمال جنایتکارانه از جمله ترور سیاسی تاکید میکند.
این بیانیه پس از آن صادر شد که اسماعیل هنیه رئیس دفتر سیاسی جنبش حماس پس از شرکت در مراسم تحلیف رئیسجمهور جدید ایران بر اثر حمله خائنانه صهیونیستها به محل اقامتش در تهران به شهادت رسید.
رئیسجمهور در واکنش به ترور شهید اسماعیل هنیه اظهار داشت: جمهوری اسلامی ایران از تمامیت ارضی و عزت و حیثیت و افتخار و شرف خود دفاع و اشغالگران تروریست را از اقدام بزدلانه خود پشیمان خواهد کرد.
حزبالله لبنان در بیانیهای ضمن تسلیت شهادت رئیس دفتر سیاسی حماس، تاکید کرد که این اقدام رژیم صهیونیستی بر عزم و اراده رزمندگان مقاومت برای ادامه راه جهاد میافزاید.